Пыльдроос родился 21 мая 1933 года в Таллинне.
В 1952 Пыльдроос закончил Таллиннскую 2-ю среднюю школу, с 1952 по 1958 изучал живопись в Государственном художественном институте Эстонии (ERKI), а в 1959 году был принят в Союз художников Эстонии. С 1985 по 1989 год был председателем, а с 1995 по 1998 год – президентом Союза художников. С 1998 года был свободным художником, а с 2003 – почетным членом Союза художников Эстонии. Также Пыльдроос преподавал в Таллиннском педагогическом институте и в ERKI (ныне – Эстонская академия художеств).
Пыльдроос создал сотни картин и произведений монументального искусства. Из последних важнейшими считаются «Радиоцветок» («Raadiolill», 1978 год) в Радиодоме, «Жизнь народов» в Горхолле («Inimeste elu», 1985) и «На границе тени и света» («Varju ja valguse piiril», 1993) в Эстонской национальной библиотеке. Кроме того, несколько его монументальных работ украшают здания школ. В 2000-х годах Пыльдроос в своем творчестве использовал также компьютер, создавая цифровые графические произведения искусства.
Как писатель Пыльдроос стал известен широкой публике в 2000-х годах, ранее из-под его пера вышла книга об Олеве Субби.
В октябре 1988 года Пыльдроос был членом-учредителем Народного фронта. В 1988-1991 годах являлся членом Верховного Совета Эстонской Республики, который 16 ноября 1988 года принял Декларацию о государственном суверенитете Эстонской ССР, также был одним из проголосовавших 20 августа 1991 года за восстановление независимости Эстонии. В 1990 году Пыльдроос был одним из основателей Эстонской либерально-демократической партии. В 1992 году отказался от политической деятельности.
С декабря 2024 года по апрель этого года в большом зале Художественного музея Kumu проходила большая ретроспективная выставка творчества Пыльдрооса под названием «Энн Пыльдроос. Музей навязчивых идей», куратором которой выступил Андерс Хярм. Экспозиция охватывала весь творческий путь художника – от конца 1950-х годов до наших дней.
